Aceita-se que as plantas verdes (incluindo as algas verdes), as algas vermelhas (Rhodophyta) e os glaucófitos adquiriram os seus cloroplastos a partir de cianobactérias endossimbióticas. Os demais tipos de algas receberam os seus cloroplastos por endossimbiose secundária, isto é, endocitando um tipo de alga que já possuía um plasto.

Se a hipótese que postula que os cloroplastos primários têm uma origem único está correcta, os glaucófitos poderiam ser os organismos mais próximos ao que originariamente endocitou a cianobactéria que se converteria em cloroplasto.