• o Museu Solomon R. Guggenheim, em Nova Iorque;
• a Coleção Peggy Guggenheim, em Veneza;
• o Museu Guggenheim Bilbao, em Bilbao, Espanha;
• o Deutsche Guggenheim, em Berlim (construída em cooperação com Deutsche Bank);
• o Guggenheim Las Vegas e o Guggenheim Hermitage, em Las Vegas.

Os museus exibem a arte moderna e a pós-moderna, mas algumas filiais exibem também a arte comercial. Além disso, diversas filiais do Guggenheim são famosas por sua arquitetura distinta, como, por exemplo, os edifícios do Museu Solomon R. Guggenheim (de Frank Lloyd Wright), o Museu Guggenheim Bilbao (de Frank Gehry) e o Guggenheim Las Vegas (de Rem Koolhaas). A fundação desenvolveu a reputação de empregar arquitetos famosos e construir edifícios de realce. Entretanto, críticas são feitas quanto a esse ponto, pois muitas vezes os edifícios dos museus são mais famosos e conhecidos que os trabalhos artísticos que estão neles expostos.

Em 8 de julho de 2006, o governo de Abu Dhabi, nos Emirados Árabes Unidos, anunciou um acordo com a Fundação para se construir um museu de quase 30 mil metros quadrados na cidade. Frank Gehry irá projetá-lo, com conclusão esperada para 2011.