A FUNASA detém a mais antiga e contínua experiência em ações de engenharia de saúde pública no Brasil. Ela direciona as ações de saneamento para as comunidades cujos indicadores de saúde denotam a presença de enfermidades causadas pela falta e/ou da inadequação de saneamento. Atua apoiando técnica e/ou financeiramente o desenvolvimento de ações de saneamento.