Enquanto rei, destacou-se por empreender reformas educacionais. Em estabelece a primeira casa para cegos da Prússia. No ano de 1809 confere poderes a Wilhelm von Humboldt para fundar a Universidade de Berlim (Alma Mater Berolinensis), a qual veio a mudar seu nome para Universidade de Frederico Guilherme (Friedrich-Wilhelms-Universität), entre 1828–1949, e, depois, para Universidade Humboldt de Berlim (Humboldt-Universität zu Berlin). Em 1811, refunda a Universidade de Breslávia (Universität Breslau) sob o nome de Universidade Silésia de Frederico Guilherme (Schlesische Friedrich-Wilhelms-Universität). Em seguida funda em a Universidade Renana de Frederico Guilherme (Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität) em Bonn, também conhecida como Universidade de Bonn. Além disso, empreendeu uma reforma no ensino de segundo grau que até hoje gera reflexos no sistema de educação alemão. Por fim, o ensino técnico e profissional (voltado para profissões técnicas) foi igualmente melhorado, no sentido de provocar o desenvolvimento industrial germano.