Casou-se com Maria Ana de Saboia, a sexta filha de Vitor Emanuel I da Sardenha. Eles não tiveram descendência. Fernando era incapaz de governar seu império por causa de sua deficiência mental, por isso, seu pai, antes de morrer, promulgou que ele consultasse o arquiduque  em todos os aspectos da política interna, e pediu-lhe para ser influenciado pelo príncipe Metternich, do ministério de relações exteriores da Áustria.

Ele abdicou em 2 de dezembro de 1848. Ele foi sucedido por seu sobrinho, Francisco José. Após sua abdicação, ele viveu no Palácio Hradcany, em Praga, até sua morte em 1875.