Muitos excavados carecem das mitocôndrias "clássicas" e por vezes são denominados "amitocondriais", ainda que a maioria, apesar de tudo, retenha um orgânulo mitocondrial em forma grandemente modificada. Outros apresentam mitocôndrias com cristas tubulares, discoidais ou, em alguns casos, planas. A maioria possui dois, quatro, ou mais flagelos e muitos apresentam um aparelho digestivo ventral com uma ultraestrutura característica, suportado por microtúbulos. Nem todos os grupos considerados como excavados compartilham estas características e, graças a várias evidências moleculares e morfológicas que se sobrepõem, podem-se definir pelo menos os seguintes grupos:

• Jakobida, e.g. Reclinomonas, Jakoba
• Malawimonas
• Metamonada
  • Trimastix
  • Carpediemonas.
  • Retortamonadida, e.g. Retortamonas, Chilomastix
  • Diplomonadida, e.g. Trepomonas, Giardia
  • Parabasalia, e.g. Trichomonas
  • Oxymonadida, e.g. Oxymonas
• Euglenozoa, e.g. Euglena, Trypanosoma
• Percolozoa ou Heterolobosea, e.g. Naegleria, Acrasis

As relações entre os distintos grupos de excavados são ainda incertas e é possível que os Excavata não constituam um grupo monofilético. Só o parentesco entre Euglenozoa e Percolozoa se apoia sobre dados moleculares robustos; ambos os grupos possuem mitocôndrias com cristas discóides. A maioria dos Jakobida possui cristas tubulares como a maioria dos demais protistas. Os Metamonada são inusuais por terem perdido as mitocôndrias clássicas; em seu lugar possuem hidrogenossomas, mitossomas. Um taxon, Loukozoa, foi continuamente redefinido para incluir uma grande variedade de grupos (entre eles Jacobida e Malawimonas) e finalmente abandonado.