Eugene Merle Shoemaker (Los Angeles, 28 de abril de 1928 — Alice Springs, 18 de julho de 1997) foi um geólogo e astrônomo estadunidense e um dos fundadores do campo da ciência planetária, conhecido principalmente pela sua descoberta, em conjunto com a sua mulher Carolyn Shoemaker e o astrônomo David Levy, do Cometa Shoemaker-Levy 9.