Situada num
oásis à beira do
oued Seguiat El Hamra (ou Saguia/Sakia El Hamra), no vale do mesmo nome, onde recentemente foi construída uma barragem, a cidade situa-se 20 km a oeste da costa
atlântica (Foum el-Oued), 307 km a sudoeste de
Tan-Tan, 490 km a sudoeste de
Sidi Ifni, 640 km a sudoeste de
Agadir, a sudoeste de
Casablanca, 190 km a nordeste de
Bojador e 530 km a nordeste de
Dakhla.
O primeiro assentamento permanente em El Aiune foi um posto militar de vigilância pertencente à
tribo Izarguien. Os
espanhóis só ocuparam efetivamente a região a partir da década de 1930 (1932 ou 1934, conforme as fontes) e a cidade foi fundada oficialmente em 1938 pelo tenente Antonio de Oro, mas só cresceria na década seguinte e pouco mais era que um vilarejo quando foi ocupada por Marrocos na década de 1970.