O período pré-dinástico é geralmente dividido em períodos culturais que adquirem o nome do lugar onde um determinado tipo de assentamento egípcio foi localizado. Contudo, o mesmo desenvolvimento gradual que caracteriza o período protodinástico está presente durante todo o período pré-dinástico e as individuais "culturas", não devem ser entendidas como entidades separadas, mas divisões, como em grande parte subjetivas, utilizadas para facilitar o estudo de todo o período.

A maioria dos sítios arqueológicos escavados no Egito provém do Alto Egito, pois as inundações do Rio Nilo foram mais fortes na região do Delta, e a maioria dos sítios do Delta do período pré-dinástico já foram enterrados por completo.