Ambientado em um mundo distópico durante o ano de 2052, a história central acompanha o agente novato da Coligação Antiterrorista das Nações Unidas JC Denton conforme ele sai para combater forças terroristas, que tem se tornado cada vez mais prevalentes em um mundo que caminha cada vez mais para o caos. No decorrer de sua jornada, Denton se envolveu em uma profunda e antiga conspiração, encontrando organizações como Majestic 12, Illuminati, e a Tríade de Hong Kong.

Lançado inicialmente para PCs rodando o Windows, Deus Ex foi posteriormente convertido para sistemas Macintosh, assim como para o console PlayStation 2 sob o nome Deus Ex: The Conspiracy. Loki Games trabalhou em uma versão para Linux, mas a empresa faliu antes de fazer o lançamento. Uma sequência do jogo Deus Ex, chamada Deus Ex: Invisible War, foi lançada em 2 de dezembro de 2003, para Windows e Xbox. Em 26 de novembro de 2007, foi confirmado que a Eidos Montreal estava desenvolvendo uma prequela, Deus Ex: Human Revolution, que foi lançada em agosto de 2011.