A 18 de Abril foi afixado o édito de perdão para os seguidores de D. António, com exceção dos que se mantinham na clandestinidade. As cortes terminaram com a redação dos juramentos dos vinte e cinco capítulos, normas através das quais o rei Filipe II tentava captar simpatias portuguesas. Comprometia-se, entre outras coisas, a manter usos, costumes e privilégios, a língua portuguesa em documentos oficiais e a permanecer em Portugal o máximo de tempo que pudesse, aceitando a educação do príncipe herdeiro em Lisboa.

Nestas cortes Filipe II de Espanha foi reconhecido como rei de Portugal, com o título de Filipe I, tendo-lhe sido prestado juramento pelas vilas e cidades portuguesas, excepto a ilha Terceira, cabeça dos Açores, e as ilhas centrais deste arquipélago, que seguiram D. António até 1583.