Nos meses que antecederam a Conferência, a cidade Guayaquil foi epicentro de uma rebelião que propunha a expulsão dos focos de resistência realista (aliados ao Vice-Reino do Peru) e a proclamação de um estado independente. Os revolucionários, no entanto, divergiam entre aliar-se à Colômbia ou Peru, ou ainda criar um república independente. Simón Bolívar decidiu findar a discussão, (pois temia a fragmentação da América em pequenas repúblicas) e levou José de San Martín a partilhar este ideal. Em 31 de julho de 1822, a República de Guayaquil foi oficialmente anexada à Grã Colômbia.