A sua origem remonta ao Mosteiro duplex (para religiosos e religiosas), fundado em meados do século X pela Condessa Mumadona Dias, nas terras de Vimaranis, sua propriedade. Ao Mosteiro se encontra associado o Castelo de Guimarães, já que a sua construção visava a sua protecção. Com o passar do tempo a protecção condal vai diminuindo e o convento vai perdendo a importância, até que, no século XII, é instituída a Colegiada de Guimarães.

Possuindo grande autonomia, a Colegiada não reconhecia a autoridade e superioridade hierárquica do Arcebispo de Braga, mas apenas a Santa Sé e o Rei de Portugal. Isto deu origem a graves conflitos e mesmo a lutas (por vezes com o uso de armas e da excomunhão de religiosos), entre as duas instituições religiosas, rivalidade esta que foi durando no tempo praticamente até ao século XIX.