Ele co-criou muitos dos personagens mutantes da Marvel, entre eles Vampira, Lince Negra, Raposa Prateada, Dentes-de-Sabre (na revista do personagem Punho de Ferro), Mística, Emma Frost, Rachel Summers, Senhor Sinistro, Capitão Bretanha e Gambit.Alem disso, foi co-responsável pela reformulação da personagem Jean Grey como a entidade Fênix, junto a Dave Cockrum.

Em 1991 Claremont deixou a Marvel devido a mais de um conflito criativo com os editores. Entre os motivos destaca-se o uso de Magneto como vilão no evento Guerras Secretas (Claremont estava aos poucos regenerando o personagem) e as mudanças na continuidade que ele pré-estabelecera para a personagem Rachel Summers (a segunda Fênix) feitas na revista X-Factor.