Após o assassinato de seu irmão Giovanni, César abandona a carreira religiosa para tornar-se guerreiro, onde é nomeado Duque de Valentinois. César casou-se com a francesa
Charlotte de Albret, e teve com ela uma filha, Luisa Bórgia. Conviveu com figuras ilustres como
Leonardo da Vinci e
Nicolau Maquiavel, inimigos de sua família, de forma que ele chegou ao ponto de prender Da Vinci para que ele construísse armas para seu exército. Seu poder e influência enfraqueceram após a morte de seu pai, o papa Alexandre VI, e sua sucessão pelo papa
Júlio II, notável inimigo dos Bórgias. César chegou a ser preso, mas escapou da prisão, e foi morto na cidade de
Viana, na
Espanha.