Os terroristas chechenos colocaram explosivos no prédio da escola e mantiveram os reféns sob a mira de armas por três dias. Em 3 de setembro,no terceiro dia da crise, as forças de segurança russas teriam entrado na escola e atacado os sequestradores, que detonaram explosivos e atiraram nos reféns. O resultado foi a morte de 334 civis, sendo 186 deles crianças e centenas de feridos.

O grupo terrorista liderado por Shamil Bassaiev, denominado "Brigada chechena de reconhecimento e sabotagem" ligado aos separatistas chechenos, assumiu a responsabilidade pelo atentado terrorista à escola, que foi liderado pelo seu principal subalterno inguche, Magomet Yevloyev.