O Campeonato Brasileiro de 2006 teve como campeão o , que não conquistava o título desde 1991. A equipe são-paulina venceu 22 jogos e perdeu apenas 4, com um aproveitamento de 68,4%. O vice-campeão foi o , que venceu a Libertadores 2006 que então deu a vaga ao 5º colocado. Outro time do Rio Grande do Sul acabou indo bem no campeonato, foi o que veio direto da Série B e conseguiu ficar em 3º lugar, alcançando uma vaga na Libertadores 2007. Pela primeira vez na história, a dupla Grenal esteve junta na Libertadores. Outro destaque foi o que havia sido campeão dois anos antes e conseguiu ficar com uma vaga na Libertadores. A surpreendente campanha do fez o clube se classificar para sua primeira Libertadores. Alguns pontos negativos foram a ausência do Atlético Mineiro, campeão em 1971; e do Coritiba, campeão brasileiro de 1985, que haviam sido rebaixados para a Série B em 2005.