Foi também, provavelmente, a edição mais desorganizada de toda a história do Campeonato Brasileiro de Futebol, embora a concorrência seja difícil (ver, por exemplo, os artigos relativos aos campeonatos de 1971, 1979, 1984 e 1985). Desta vez, a CBF resolveu juntar as Taças de Ouro, Prata e Bronze (respectivamente séries A, B e C) numa única competição, com nada menos que 80 clubes.

De acordo com o regulamento original, seriam classificados para a segunda fase 28 clubes dos grupos A-D (os 6 primeiros colocados de cada grupo, mais 4 independente de grupo) e 4 dos grupos E-H (o vencedor de cada grupo), totalizando 32 clubes. Mas, como o Vasco não estava entre os classificados, entrou com um processo na Justiça Comum para anular a decisão do STJD, que concedera 2 pontos para o Joinville no jogo contra o Sergipe (1x1, em 29 de Setembro), por caso comprovado de doping - a anulação da decisão daria a vaga do Joinville para o Vasco. O Joinville também entrou na Justiça para garantir o seu direito, e a CBF decidiu classificar os dois clubes, eliminando então a Portuguesa, que seria punida por também haver entrado na Justiça, por uma questão de venda de ingressos. Vários clubes paulistas ameaçaram abandonar a competição em apoio à Portuguesa, o que fez com a CBF voltasse atrás em sua decisão e resolvesse classificar 33 clubes para a segunda fase. Poucos dias depois, porém, em função da dificuldade em organizar a tabela da segunda fase com um número ímpar de clubes, a CBF decretou a promoção de mais 3 clubes dos grupos A-D - que, pela ordem de classificação na primeira fase, foram Santa Cruz, Sobradinho e Náutico. Assim, em vez dos 4 grupos de 8 originalmente previstos, a segunda fase do campeonato teve 4 grupos de 9 clubes cada.