Essa situação perdurou até a criação do cargo de intendente, em 1808 quando o rei Dom João VI de Portugal, decreta que o intendente seria administrador da cidade por dois anos, sempre nomeado por ele, separando os Poderes Executivo e Legislativo municipais. Em 1828, D. Pedro I reestruturou a Câmara, que passou a ter nove vereadores, eleitos de quatro em quatro anos, com a responsabilidade de cuidar da educação pública, da polícia e dos assuntos econômicos da cidade. No entanto, já naquele momento a Câmara perdeu suas funções judiciárias. E a partir de então, e durante longo tempo, ela foi sendo esvaziada em suas atribuições, repassadas a outras instituições.

Logo após a Proclamação da República, a cidade passa a ser um Distrito Federal, e a Câmara, um mês depois, foi dissolvida e instituído o Conselho de Intendência Municipal, composto por 7 intendentes, eleitos por voto direto, sendo o presidente encarregado da função de prefeito da cidade. Em 1892, a República tirou da Câmara os poderes executivos que esta mantinha desde o século XVI, passando a caber ao prefeito a decisão apenas das questões delicadas do município, com mandatos de três anos. Juntamente com as demais câmaras municipais e estaduais, foi fechada em 1937 quando da decretação do regime do Estado Novo por Getúlio Vargas e reaberta em 1946, porém sem poder sobre os vetos do prefeito da cidade, os quais eram analisados pelos Senadores da República.