Em Setembro de 2008, foi anunciado que a companhia aérea alemã Lufthansa pretendia adquirir 45% das acções da Brussels Airlines (deixando em aberto a opção de adquirir os restantes 55% até 2011), e desta forma, garantir a entrada da Brussels Airlines na aliança de companhias aéreas Star Alliance. Com a aprovação destas medidas por parte da Comissão Europeia em 2009, estas medidas estão a decorrer, e a empresa completou a sua entrada na Star Alliance em 9 de dezembro de 2009. Está também em curso a substituição gradual das aeronaves mais antigas da empresa, nomeadamente os aviões mais antigos do tipo Boeing 737, que a empresa adquiriu através da fusão com a Virgin Express. Para substituir os modelos mais antigos da frota, a empresa irá adquirir aviões do tipo Airbus A319 e/ou A320.
Sendo actualmente também uma das empresas com mais ofertas de voos de longo-curso para África, a empresa irá adquirir mais aviões do tipo Airbus A330, para aumentar a sua oferta e substituir os modelos mais antigos, do mesmo tipo.

Ao nível do serviço a bordo, para a maioria das suas rotas europeias (de médio curso), a companhia oferece nos seus voos três classes de serviço a bordo:
- b.business: Classe executiva da Brussels Airlines;
- b.flex: Classe económica flexivel da Brussels Airlines: inclui mais espaço entre assentos e um serviço a bordo completo;
- b.light: Classe económica de baixo custo da Brussels Airlines: refeições e bebidas a bordo à venda e maiores restrições ao nível das reservas e passagens aéreas.

Nos voos de longo curso (incluindo voos para Helsínquia, Moscovo e Tel Aviv), a empresa oferece duas classes tradicionais de serviço, classe executiva (business) e classe económica (economy).

A companhia é composta por uma frota de 50 aviões de médio e longo curso, voando diariamente para destinos na Europa, África e Médio Oriente. Através de parcerias com outras companhias aéreas, oferece também voos em regime de code-share para a Médio Oriente (Etihad Airways) e para a Ásia (Hainan Airlines da China e Jet Airways da Índia). Para além destas parcerias, a companhia também opera em conjunto os voos entre Bruxelas e a Suíça (em parceria com a Swiss).