Branchiomerie ist die Segmentierung, welche sich im Embryo vom Darm aus entwickelt – namentlich die Bildung der Kiemenbögen. Bei allen Wirbeltieren, die ja Deuterostomier sind, gelangt der Darm in die Nähe der künftigen Mundregion, um dort mit dem Ektoderm zu verschmelzen, wodurch der Mund und eventuell Kiemenöffnungen gebildet werden.