Foi implantado em janeiro de 1995 em Campinas, durante o governo do prefeito José Roberto Magalhães Teixeira do PSDB - Partido da Social Democracia Brasileira. Posteriormente, com uma diferença de apenas 5 dias, foi implantado em Brasília pelo Governo do Distrito Federal, então chefiado por Cristovam Buarque, na época ainda no PT. Buarque deixou o partido em 2004, quando era Ministro da Educação, posteriormente se filiando ao PDT, onde milita até hoje. A lei de Campinas foi aprovada na Câmara Municipal em 6 de janeiro de 1995 e regulamentada em 18 de abril, quando os primeiros benefícios começaram a ser pagos. Já em Brasília, o decreto foi assinado em 11 de janeiro de 1995 e os primeiros benefícios começaram a ser pagos em maio. Finalmente, o Bolsa Escola federal foi implementado em 2001 pelo governo de Fernando Henrique Cardoso. Chegou a beneficiar mais de 5,5 milhões de famílias em um total de 45 milhões de pessoas em todo o Brasil quando, em 2003, foi incorporado ao Programa Bolsa Família pelo presidente Lula.