O
Bockscar foi usado em 13 missões de treinamento a partir de
Tinian e de três missões de combate em que lançaram bombas em alvos industriais no Japão. Em 9 de agosto de 1945, o
Bockscar, pilotado pelo comandante do 393º Esquadrão de Bombardeio, Major
Charles W. Sweeney, lançou a bomba nuclear
Fat Man, o que deu origem a uma explosão de 21
quilotons de TNT sobre a cidade de Nagasaki. Cerca de 44% da cidade foi destruída; 35 mil pessoas morreram e 60 mil ficaram feridas.