O objetivo da empresa é atingir e manter posições de liderança nos mercados em que atua, gerando assim valores para clientes, públicos de interesse e colaboradores. Com essa finalidade, tem estratégia projetada para ajudar a resolver alguns dos desafios mais urgentes enfrentados pela humanidade. Tudo isso faz parte da missão: Bayer: Science For A Better Life (Ciência para Uma Vida Melhor).

Após a separação econômica e jurídica da Material Science, atualmente Covestro, a Bayer planejou o seu desenvolvimento como empresa Ciências da Vida. Nesse sentido, a estrutura corporativa foi reorganizada. Desde 1º de janeiro de 2016, os negócios centrais da Bayer são administrados por três divisões: Pharmaceuticals, Consumer Health e Crop Science. A Saúde Animal constitui uma unidade de negócio separada.