A principal divisão política e ideológica durante este período foi entre os
ishin shishi, pró-imperialista (patriotas nacionalistas), um
nacionalismo emergente anti-ocidental, que cresceu entre os
Tozama daimyo (
senhores de fora) e as forças do
xogunato, incluindo a elite
Shinsengumi, que ocorreu após chegada do
Comodoro Matthew Perry à costa japonesa.
Embora esses dois grupos fossem os poderes mais visíveis, muitas outras facções tentaram usar o caos do
Bakumatsu para tomar o poder pessoal. Além disso, havia outras duas principais forças motrizes para a dissidência: o ressentimento, a primeira crescente por parte dos
tozama daimyo (ou senhores de fora), e o segundo, o crescente sentimento anti-ocidental após a chegada de Matthew C. Perry. O primeiro se refere aos senhores que tinham lutado contra as forças de Tokugawa, na
Batalha de Sekigahara (em
1600) e foram daquele ponto em diante excluídos permanentemente de todas as posições de poder dentro do shogunato. O segundo era expresso na frase
Sonnō jōi ou "reverenciar o Imperador, expulsar os bárbaros".