Em 1998 ele fundiu a Jihad islâmica egípcia formalmente com a al-Qaeda. De acordo com relatórios de um anterior membro da al-Qaeda, ele trabalhou na organização al-Qaeda desde o seu começo e era um membro sênior do conselho de shura do grupo. Foi descrito freqüentemente como um "tenente" à cabeça da al-Qaeda.

Em 16 de junho de 2011, em comunicado transmitido por vários sites do mundo árabe na Internet, a organização informou que o médico e ex-braço-direito de bin-Laden, passou a ser o novo líder da organização terrorista, como uma maneira de "honrar o legado de bin-Laden".