Apomorphie (von gr. ‚ab‘ und ‚Form‘, ‚Gestalt‘) ist ein Begriff der Kladistik (Methode der Evolutionsbiologie). Er bezeichnet in der Systematik der Phylogenese solche Merkmale, die im Vergleich zum Vorfahren der jeweils betrachteten Stammlinie neu erworben wurden („abgeleitetes Merkmal“). Im Gegensatz dazu steht die Plesiomorphie, also das ursprüngliche, nicht-abgeleitete Merkmal.