As primeiras menções do termo almoxarife remontam às primeiras décadas a seguir à independência de Portugal, isto é, do final do , constando de alguns diplomas de então. O termo torna-se muito frequente no século seguinte. O almoxarife estava incumbido de arrendar ou emprazar os bens da coroa, supervisionar a cobrança de direitos reais ou o seu arrendamento, pagar as quantias, moradias e outras mercês régias, além de outras despesas públicas. Os contratos de arrendamentos eram normalmente feitos com o vedor da fazenda do rei, sendo as rendas pagas ao almoxarife do almoxarifado a que diziam respeito O almoxarife apresentava as contas das receitas e despesas que efetuava, as quais eram certificadas na forma duma "carta de quitação" onde constavam os montantes recebidos e gastos.

A escrituração dos almoxarifados era feita por contadorias do Erário, tendo cada uma a seu cargo uma ou mais províncias. Por exemplo, a contadoria da Estremadura escriturava os rendimentos «dos almoxarifados dos frutos de Algés e Malveira, da Salvaterra, barrocas da Rendinha e Paul da Asseca, de Azambuja e Alcoelha, de Alenquer e Torres Vedras, de Tomar e das sisas e omposições de Santarém.»