Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN. De modo geral, assume-se que o conjunto de sequências de consulta que se coloca como entrada (conjunto problema) tem uma relação evolutiva pela qual compartilham uma linhagem e descendem de um ancestral comum. Do alinhamento resultante, pode-se inferir a homologia, e pode levar-se a cabo a análise filogenética para avaliar as origens evolutivas compartilhadas pelas sequências. As representações visuais do alinhamento ilustram mutações tais como mutações puntuais (uma só mudança de aminoácidos ou nucleótidos) que aparecem como diferentes caracteres numa só coluna do alinhamento, e a inserção ou supressão de mutações que aparecem como ocos numa ou várias das sequências no alinhamento. O alinhamento múltiplo de sequências utiliza-se para avaliar a conservação dos domínios proteicos, as estruturas terciárias e secundárias, e também aminoácidos ou nucleótidos individuais.