Inaugurado em meados dos anos 30 em área descampada, o aeroporto logo foi envolvido pela cidade e se tornou um aeroporto central, atualmente atendendo a grande São Paulo com voos domésticos nacionais e regionais para 26 destinos concentrados na região centro-sul do Brasil. Segundo estatísticas da ANAC de 2013, Congonhas atende 5 das 20 rotas mais movimentadas do Brasil, incluído a ponte aérea Rio-São Paulo, a mais movimentada do país.

Congonhas já foi o aeroporto mais movimentado do país entre os anos de 1990 até 2006, quando o acidente com o Voo TAM 3054, em julho de 2007, fez com que muitos voos fossem transferidos para outros aeroportos. Atualmente é o terceiro aeroporto mais movimentado em número de passageiros e em número de aeronaves do Brasil e o primeiro da rede Infraero, após a privatização do Aeroporto Internacional de São Paulo-Guarulhos e do Aeroporto Internacional de Brasília. Ainda hoje o aeroporto opera no limite da capacidade de suas pistas com 536 voos comerciais diariamente, o que equivale a um pouso ou uma decolagem a cada 2 minutos durante o horário de funcionamento do aeroporto - de 06:00 h às 23:00 h.