Existem cinco terminais em uso no aeroporto. Terminal 1 serve vôos domésticos de Cubana. Terminal 2 serve vôos charter de Miami e Corsair Charters Airlines de França. Terminal 3 é o terminal maior e mais moderno, serve mais tráfego e foi construído com a ajuda canadense. Terminal 5 serve Aerocaribbean e algumas outras linhas de charters. Aerovaradero terminal de carga é usado principalmente por Cargosur (Iberia Group) e Cubana Cargo. Há um serviço de ônibus a transferência entre terminais.

Devido ao embargo dos Estados Unidos contra Cuba, qualquer companhia aérea dos Estados Unidos é permitido realizar vôos regulares para o aeroporto, para que todos os vôos regulares para Miami são designados como charters. Várias companhias aéreas operados serviço contínuo entre Havana  e Miami , essas companhias incluem  American Eagle , Gulfstream International Airlines ', e United Aierlines. Devido à relação de Cuba com o União Soviética, durante os anos 70 e 80 do aeroporto contou com a presença de muitas companhias aéreas no Bloco. Em 2002, a Logística de Carga Aérea (ELCA SA) abriu um novo terminal de cargas, uma joint venture compartilhada entre a empresa Cargosur, parte do grupo Iberia em Espanha, e Aerovaradero SA de Cuba, com um investimento de mais de 2,5 milhões. O objectivo desta empresa, a mais moderna de seu tipo nesta região geográfica, para facilitar e reduzir o custo do frete entre a Europa e as Américas, aeronaves várias empresas pertenecentes. O terminal tem uma capacidade de 600 toneladas e 2000 metros cúbicos de espaço.