O Amazonas tem sua origem na nascente do rio Apurímac (alto da parte ocidental da cordilheira dos Andes), no sul do Peru, e deságua no oceano Atlântico junto ao rio Tocantins no delta do Amazonas, no norte brasileiro. Ao longo de seu percurso recebe, ainda no Peru, os nomes de Carhuasanta, Lloqueta, Apurímac, rio Ene, rio Tambo, Ucayali e Amazonas. Ele entra no território brasileiro com o nome de rio Solimões e finalmente, em Manaus, após a junção com o rio Negro, assim que suas águas se misturam ele recebe o nome de Amazonas e como tal segue até a sua foz no oceano Atlântico. Sua foz é classificada como mista, por apresentar uma foz em estuário e em delta. O rio Amazonas é o único com uma foz mista no mundo.

Centro da maior bacia hidrográfica do mundo, ultrapassando os 7 milhões de km², a maior parte do rio está inserida na planície sedimentar Amazônica, embora a nascente em sua totalidade seja acidentada e de grande altitude. Marginalmente, a vegetação ribeirinha é, em sua maioria, exuberante, predominando as florestas equatoriais da Amazônia.