O hidrogênio faz ligações covalentes (ligação química em que há compartilhamento de elétrons) e ligações que não são químicas, apenas interações. A Ligação de Hidrogênio é uma interação entre átomos de hidrogênio de uma molécula com átomos de elementos altamente eletronegativos (oxigênio, flúor e nitrogênio) de forma que o hidrogênio sirva como "elo" entre os átomos com os quais interage. Pensava-se anteriormente que o elétron fosse compartilhado pelas moléculas da interação, entretanto se fosse assim, seria uma ligação covalente. As Ligações de Hidrogênio podem ser classificadas em intramolecular, que ocorrem na mesma molécula, e intermolecular, que ocorrem entre moléculas vizinhas.