A secção norte forma o vale do rio Jordão, que corre para sul através do mar da Galileia até ao mar Morto. O Vale do Rift continua para sul, através do Wadi Arabah, golfo de Aqaba e mar Vermelho. Na desembocadura sul do mar Vermelho, o Rift tem uma bifurcação, formando o Triângulo de Afar (a rosa mais escuro no mapa abaixo): o golfo de Aden, para leste, corresponde à divisão entre a península da Arábia e África e continua como parte da cordilheira Central do oceano Índico; o outro ramo segue para sudoeste através do Djibouti, para fomar o vale do Rift Oriental, que abrange a Etiópia, o Quénia, a Tanzânia, o lago Niassa e o rio Chire, terminando no Zambeze.

Na Tanzânia, pouco a norte do lago Niassa, o vale divide-se mais uma vez, com um ramo que segue para noroeste e depois para norte, formando o lago Tanganyika, que faz a fronteira entre a República Democrática do Congo, a Tanzânia e o Burundi, a seguir lago Kivu, que separa o Ruanda do Congo, os lagos Eduardo e lago Alberto, com uma das nascentes do rio Nilo, que o separam do Uganda e que é chamado Rift Ocidental ou Albertino, onde se encontra a maioria dos grandes lagos Africanos, já mencionados. O lago Vitória encontra-se entre os dois ramos do vale do Rift.