Segundo a proposta do Tratado de Lisboa, este sistema será substituído por um cargo permanente de dois anos e meio, renovável uma vez. Se o novo tratado for aprovado tal como previsto, o primeiro Presidente permanente será nomeado em 2009. A nova posição será intitulada como "Presidente da União Europeia".

A própria natureza do novo posto, a extensão exacta dos seus poderes e sua exata relação com outros lugares importantes da UE são incertas. De acordo com a proposta do Tratado, o Conselho Europeu elege o seu presidente por maioria qualificada, que será o presidente dirige e dinamiza o seu trabalho, e assegura a representação externa da União Europeia, sobre questões relativas à União, política externa e segurança comum. A sua influência e papel deverão ser decididos em grande parte pela natureza da primeira pessoa a ocupar o posto.