Die Pathogenese (aus páthos „Leiden(schaft), Sucht, Pathos“ und γένεσις, génesis „Entstehung, Schöpfung, Geburt“) beschreibt die Entstehung und Entwicklung einer Krankheit mit allen daran beteiligten Faktoren. Der mit naturwissenschaftlichen Methoden erfassbare Ablauf eines Krankheitsprozesses wird auch als Pathomechanismus bezeichnet. Die Ursachen einer Erkrankung hingegen werden in der Ätiologie abgehandelt.