Reivindicando ajuda solicitada pelos líderes timorenses, as forças militares indonésias invadiram a parte oriental da ilha em 7 de dezembro de 1975 e destruíram a resistência armada à ocupação. Na sequência de uma controversa "Assembleia Popular", que muitos disseram que não era um verdadeiro ato de auto-determinação, a Indonésia declarou o território como uma província da Indonésia. Por vinte e cinco anos, a população do Timor-Leste foi submetida a execuções extrajudiciais, tortura e fome.

O Massacre de Santa Cruz em 1991 causou indignação em todo o mundo, e os relatórios de outros crimes similares eram inúmeros. A resistência à dominação da Indonésia manteve-se forte; em 1996, o Prêmio Nobel da Paz foi atribuído a dois grandes Homens do Timor-Leste, o Bispo da Igreja Católica D.Carlos Filipe Ximenes Belo e o representante da FRETILIN no exterior, José Ramos-Horta, pelos seus esforços em curso para acabar com a ocupação pacificamente. Uma votação em 1999 para determinar o futuro do território resultou em uma esmagadora maioria a favor da independência, e em 2002, Timor-Leste tornou-se uma nação independente. Estima-se que a ocupação custou mais de 100 000 mortes no território, para uma população de menos de um milhão de pessoas.