A MLB é governada pela Major League Constitution, um acordo que passou por várias versões desde 1920, com a mais recente revisão tendo sido feita em 2001. A MLB, sob a direção de seus comissários, contrata e mantém as equipes de arbitragem, e negocia marketing, regras de trabalho e contratos de televisão. O aspecto tradicionalista da MLB efectivamente previne as promoções ou descidas de divisão anuais de equipes nas grandes ligas em virtude de seu desempenho.

A MLB também mantém uma relação de controle única sobre o desporto, incluindo a maioria dos aspectos das ligas menores. Isso dá-se em parte a uma decisão da Suprema Corte dos EUA de 1922 que declarava que o basebol não é considerado um comércio interestadual e, portanto, não está sujeito à lei federal anti-truste, apesar de as pessoas ligadas ao desporto se referirem ao basebol como um "indústria" ao invés de um "desporto".