A denominação "Índia" abrangia então todos os territórios no Índico - desde a África austral ao sudeste Asiático. Inicialmente o rei D. Manuel I de Portugal tentou a distribuição do poder por três Governadores com áreas de jurisdição distintas, contudo o cargo foi centralizado por Afonso de Albuquerque, que se tornou plenipotenciário, e assim permaneceu. O termo do mandato era, tal como o equivalente em Espanha, de três anos, possivelmente dado o poder que representava: no século XVI dos trinta e quatro governadores da Índia, apenas seis tiveram mandatos mais prolongados.

Durante dois séculos os governadores detiveram a jurisdição sobre todas as possessões portuguesas no Índico; só em 1752 Moçambique passou a dispor de governo próprio e em 1844 o Estado Português da Índia deixou também de administrar os territórios de Macau, Solor e Timor, vendo-se assim confinado a uma reduzida expressão territorial no Malabar: Goa, Damão, Diu, Nagar-Aveli e Dadrá. Perdeu estes dois últimos enclaves em 1954, e por fim as três restantes praças em Dezembro de 1961, quando foram ocupadas pela União Indiana (embora Portugal só reconhecesse a ocupação após a Revolução dos Cravos, em 1975). Terminou assim, após quatro séculos e meio de domínio português, o Estado Português da Índia.