Nos séculos XVI e XVII, era chamado pelos portugueses de língua brasílica por ser o idioma mais usado no Brasil (o termo "língua tupi" somente se generalizou a partir do século XIX). Os europeus que iam viver no Brasil, bem como os escravos africanos que eram trazidos para o país, a aprendiam e a falavam no seu dia a dia, usando o português apenas na suas relações com a Coroa Portuguesa. Teve sua gramática estudada pelos jesuítas (os quais a utilizavam como instrumento de catequese). Deixou de ser falada no final do século 17, quando foi suplantada pela língua geral.

Com a proibição da língua pelo Marquês de Pombal em 1758, o tupi deixou de ser a língua mais falada no Brasil, sendo substituída pelo português. É considerada, atualmente, uma língua morta. Sua descendente paulista, a língua geral paulista, continuou, no entanto, a ser falada no interior do atual estado de São Paulo até o início do século 20 e a sua descendente amazônica, o nheengatu, continua a ser falada até hoje no vale do rio Negro, na Amazônia. A língua tupi também continua presente no cotidiano dos brasileiros através de vários nomes tupis que se encontram na geografia brasileira e nas denominações de vários animais e plantas nativos do Brasil.