Durante os primeiros anos da ocupação, os militares indonésios enfrentaram forte resistência no interior montanhoso da ilha, mas a partir de 1977-1978, os militares adquiriram armamento moderno dos Estados Unidos, Austrália e outros países, para destruir o grupo rebelde. No entanto, nas duas últimas décadas do século XX viu-se contínuos embates entre grupos indonésios e timorenses sobre o estatuto de Timor- Leste; até que, os violentos confrontos em 1999, levariam à intervenção da ONU pela Missão das Nações Unidas em Timor-Leste e a realização de um referendo em que os timorenses votaram pela independência, ocorrida em 2002.