No final da Idade Média e início do Renascimento, o conceito e o alcance da Inquisição foi significativamente ampliado em resposta à Reforma Protestante e a Contrarreforma Católica. O seu âmbito geográfico foi expandido para outros países europeus, resultando na Inquisição Espanhola e Portuguesa. Esses dois reinos em particular operavam tribunais inquisitoriais ao longo de seus respectivos impérios (o Espanhol e o Português) na América (resultando na Inquisição Peruana e Mexicana), Ásia e África. Um foco particular das inquisições espanhola e portuguesa era converter forçadamente judeus e muçulmanos ao catolicismo, em parte porque esses grupos minoritários eram mais numerosos na Espanha e em Portugal do que em muitas outras partes da Europa e em parte porque muitas vezes eles eram considerados suspeitos devido à suposição de que haviam secretamente voltado a praticar suas religiões anteriores.

Desde o século XIX, os historiadores têm gradualmente extraído estatísticas dos registros dos tribunais inquisidores, a partir do qual estimativas foram calculadas ajustando o número registrado de condenações pela taxa média de perda de documentos para cada período de tempo compilado. García Cárcel estima que o número total de pessoas julgadas por tribunais inquisitoriais ao longo da sua história foi de aproximadamente 150 mil, dos quais cerca de três mil foram assassinadas - cerca de dois por cento do número de pessoas que foram a julgamento. Gustav Henningsen e Jaime Contreras estudaram os registros da Inquisição Espanhola, que lista casos, dos quais 826 resultaram em execuções e 778 em efígies (ou seja, quando um boneco de palha era queimado no lugar da pessoa). William Monter estima 1.000 execuções entre 1530-1630 e 250 entre 1630-1730. Jean-Pierre Dedieu estudou os registros de tribunal de Toledo, que colocou 12 mil pessoas em julgamento. Para o período anterior a 1530, Henry Kamen estimou que houve cerca de duas mil execuções em todos os tribunais da Espanha. Os tribunais eclesiásticos atuaram em Minas Geraisentre 1700 e 1820, onde aconteceram 989 denúncias nas comarcas do Rio da Mortes, do Rio das Velhas, do Serro do Frio e na de Vila Rica.