O país abrigou várias culturas indígenas importantes, mais notavelmente os Maias. Cristóvão Colombo foi o primeiro europeu a visitar as Islas de la Bahía, na costa do país, desembarcando perto da atual cidade de Trujillo. Grande parte do país foi conquistado e colonizado pela Espanha no século XVI, que introduziu seu idioma, agora predominante, e muitos de seus costumes. Foi organizada como uma província do Reino de Guatemala e teve três capitais: Trujillo, Comayagua e, a partir de 1880, Tegucigalpa, que permanece até hoje. Tornou-se independente em 15 de setembro de 1821 e foi uma república desde o fim do domínio espanhol.

O território de Honduras é muito acidentado, formando-se por montanhas, planaltos, vales profundos e planícies extensas e férteis, atravessadas ​​por rios navegáveis. Tudo isso contribui para a sua rica biodiversidade. Estima-se que existam cerca de 8.000 espécies de plantas, 250 répteis e anfíbios, mais de 70.015 espécies de aves e 110 espécies de mamíferos, distribuídos em diferentes regiões ecológicas em Honduras.