Após a última idade do gelo, por volta de  AEC, o rico ecossistema do arquipélago japonês promoveu o desenvolvimento humano. O aparecimento das primeiras pessoas no Japão data do Paleolítico, há cerca de anos. Entre e 500 AEC, estes povos desenvolveram um tipo de cerâmica designada de Jomon, a qual é considerada das mais antigas do mundo. Posteriormente surgiu uma cultura conhecida como Yayoi, onde a produção de ferramentas de metal, assim como o cultivo do arroz, foram um importante progresso. Neste período existiram várias tribos, porém foi no período Yamato que se fez notar maior predominância de povos. Séculos depois, os governantes deste período reforçaram a posição do país e começaram a disseminar-se por todo o arquipélago sob um sistema centralizado, comprimindo as inúmeras tribos existentes e alegando a própria ascendência divina. Entretanto, o governo central havia começado a assimilar os costumes próprios da Coreia e da China. Esta rápida imposição de tradições estrangeiras, contudo, produziu uma certa tensão na sociedade japonesa e, no ano 794, a corte imperial fundou uma nova capital, Heian-kyo (actual Quioto), dando origem a uma cultura aperfeiçoada da aristocracia. Apesar disso, o sistema centralizado fracassou nas províncias e iniciou-se um processo de privatização de terras, dando origem a um colapso na administração e ordem públicas. A aristocracia necessitava então da ajuda de guerreiros para proteger a suas propriedades - mais tarde denominada a classe samurai.

Em 1192, Minamoto no Yoritomo foi nomeado shogun (ditador militar) do Japão pelo imperador, marcando o início do regime feudal shogunato (ou bakufu) Kamakura, uma instituição militar permanente que governaria durante quase setecentos anos. A corte viu assim o seu poder transferir-se para os samurais sob tal regime militar. A eclosão da Guerra de Onin em 1467 provocou uma série de guerras que se estenderam por todo o Japão, num período que culminou em 1573, quando Oda Nobunaga iniciou uma unificação do país que não foi concluída devido à traição de um dos seus principais generais. O imperador foi morto e Toyotomi Hideyoshi vingou a sua morte, completando a unificação em 1590. Depois disto, o país ficou novamente dividido em dois lados: os que apoiavam o seu filho Toyotomi Hideyori e os que apoiavam um dos principais daimyo, Tokugawa Ieyasu. As duas vertentes enfrentaram-se então durante a Batalha de Sekigahara, da qual leyasu saiu vencedor e foi oficialmente nomeado shogun em 1603, instaurando-se o Shogunato Tokugawa. O período Edo caracteriza-se por ter sido uma época de paz e pela implementação de uma nova política de relações internacionais que evitou o contacto com o exterior. Este isolamento teve o seu término em 1853, quando Matthew Calbraith Perry forçou o Japão a abrir portas e assinar uma série de tratados com as grandes potências estrangeiras (tratados desiguais), causando desconforto entre alguns samurais que apoiavam o imperador a favor da retoma do seu papel na política.