Era o terceiro filho do rei Carlos III de Espanha e da princesa Maria Amália da Saxónia. Quando o seu pai herdou a coroa de Espanha (o irmão dele morreu sem deixar descendência), Fernando tornou-se herdeiro do reino italiano do seu pai, uma vez que os acordos internacionais impediam a união de ambas as coroas. Foi o último filho de Carlos III a morrer, sendo também aquele que reinou um território durante mais tempo de forma ininterrupta, neste caso, a Sicília, durante sessenta-e-seis anos, entre 1759 e 1825.