Als Fäulnis (ahd. fûl „stinkend“, auch Fäule) wird in der Ökologie und Thanatologie die durch Mikroorganismen unter Sauerstoffmangel ausgelöste Zersetzung organischer Substanz bezeichnet. Oft werden besonders Zersetzungen unter Bildung unangenehmen Geruchs als Fäulnis bezeichnet. Fäulnis ist eine natürliche Form der Gärung. Die bei Fäulnis entstehenden Stoffwechselprodukte sind meist selbst organische Stoffe, zum Beispiel Propionsäure, Essigsäure, Buttersäure, Ethanol und Amine. Viele dieser Verbindungen sind flüchtig und neben anorganischen Produkten (Ammoniak, Schwefelwasserstoff) für den unangenehmen Geruch verantwortlich, der bei Fäulnisprozessen entsteht. Durch den mikrobiellen Abbau von Proteinen und Aminosäuren entstehen unangenehm riechende, giftige Gase wie Ammoniak und Schwefelwasserstoff, in Tierkadavern und Leichen werden Leichengifte wie Cadaverin oder Putrescin gebildet.