O país é composto por quatro principais grupos de ilhas-estados: Chuuk, Kosrae, Yap e Pohnpei, onde localiza-se a capital Palikir (ou Paliquir). Separada dos quatro principais estados, estão as ilhas de Nukuoro e Kapingamarangi, que geográfica e politicamente fazem parte da Micronésia, porém linguística e culturalmente, seriam mais adequadamente associados à Polinésia (os idiomas falados nestas duas ilhas são da família samoana das línguas polinésias). A maior cidade dos EFM é Kolonia, capital de Pohnpei.

Os Estados Federados da Micronésia são governados por um congresso unicamaral com catorze membros eleitos por voto popular. Quatro senadores — um de cada estado — têm mandatos de quatro anos; os restantes dez senadores representam os distritos de acordo com a correspondente população e têm mandatos de dois anos. O presidente e o vice-presidente são eleitos pelo Congresso de entre os quatro representantes dos estados, para mandatos de quatro anos. As suas posições no Congresso são depois preenchidas por eleições especiais. Não existem partidos políticos organizados.