Em 1530 a capital do Estado da Índia foi transferida para Goa e, antes do século XVIII, o governador português ali estabelecido exercia sua autoridade em todas as possessões portuguesas no oceano Índico, desde a monção do Cabo da Boa Esperança, a oeste, passando pelas Ilhas Molucas, Macau e Nagasaki (esta não formalmente parte dos domínios portugueses) ao leste. Em 1752, Moçambique passou a ter um governo próprio e em 1844 foi a vez dos territórios de Macau, Solor e Timor, restringindo a autoridade do governador do Estado da Índia às possessões portuguesas na costa de Malabar, permanecendo assim até 1961.

Antes da independência da Índia, ocorrida em 1947, os territórios portugueses se restringiam à Goa, Damão, Diu, e Dadrá e Nagar-Aveli. Portugal perdeu o controle efetivo dos enclaves de Dadrá e Nagar-Aveli em 1954 e, finalmente, o resto dos territórios do subcontinente indiano em dezembro de 1961, quando foram tomados por uma operação militar indiana. Apesar da tomada pela Índia dos territórios portugueses no subcontinente, Portugal reconheceu oficialmente o controle indiano somente em 1975, após o Revolução dos Cravos e da queda do regime do Estado Novo.