Na época, o imposto e gestão administrativa omíada era considerada injusta por alguns muçulmanos. Enquanto a população não-muçulmana tinha autonomia, as suas questões judiciais foram tratadas de acordo com suas próprias leis e por seus próprios chefes religiosos ou seus nomeados. Pagavam ao governo central taxa para o policiamento. Maomé tinha afirmado explicitamente enquanto era vivo que todas as minorias religiosas deviam ser autorizadas a praticar a sua religião e terem as suas próprias instituições governamentais e jurídicas e em termos gerais essa política tinha continuado. As medidas de assistência social tanto para muçulmanos como para não muçulmanos iniciadas por Omar também tinham sido mantidas. A esposa de Muawiya, Maysum, mãe de Yazid também era cristã. As relações entre os muçulmanos e os cristãos no estado eram boas. Os omíadas estavam envolvidos em batalhas frequentes com os cristãos bizantinos, sem se preocupar com a proteção de sua retaguarda na Síria, que havia permanecido em grande parte cristã como muitas outras partes do império. Posições de destaque foram mantidas pelos cristãos, alguns dos quais pertenciam a famílias que serviram nos governos bizantinos. O trabalho dos cristãos era parte de uma política mais ampla de tolerância religiosa que foi necessária em virtude da presença de grandes populações cristãs nas províncias conquistadas, especialmente na Síria. Esta política também impulsionou sua popularidade e solidificou a Síria como sua base de poder.

As rivalidades entre as tribos árabes causou agitação nas províncias fora da Síria, principalmente na Segunda Guerra Civil Muçulmana de 680 até 692 da Era comum (EC) e a revolta berbere de 740 até 743 EC. Durante a Segunda Guerra Civil, a liderança do clã Omíada passou do ramo Sufyanid da família para o ramo Marwanida. À medida que a campanha constante esgotou os recursos materiais e humanos do Estado, os omíadas, enfraquecidos pela Terceira Guerra Civil Muçulmana de 744-747 EC, foram finalmente derrubados pela revolução abássida em 750 EC/132 AH. Um ramo da família fugiu para o Norte da África para Al-Andalus, onde se estabeleceu o Califado de Córdova, que durou até 1031, antes de cair devido a Fitna de Al-Andalus.