A CPS-3 possui um mecanismo de segurança e proteção anti-cópia complexo. Os jogos são distribuídos em um CD que contém os dados do jogo criptografados e um cartucho de segurança alimentado por bateria com uma chave de desencriptação e a BIOS do jogo. Ao ser ligado pela primeira vez, o conteúdo do CD é copiado para um banco de memória na placa do sistema, e depois é desencriptada pelo cartucho de segurança. O cartucho é extremamente sensível a qualquer tentativa de modificação, que faz com que a chave seja apagada tornando o cartucho inútil.

A CPS-3 não foi um sucesso de vendas e teve apenas seis jogos produzidos para ela. Os donos das casas de arcade não gostavam da fragilidade da placa principal; a CPS-3 não resistia bem a choques mecânicos ou elétricos. Além disso, o jogo deixava de funcionar assim que a bateria no cartucho de segurança perdia sua carga, tendo de ser substituída ao custo do dono. Outro ponto negativo foi o fato da CPS-3 ser capaz apenas de produzir gráficos 2D em uma época em que a maioria dos jogos era criada com gráficos 3D. O custo do sistema era maior que o das outras placas de arcade e acredita-se que programar para a CPS-3 era mais difícil que o normal.